La ANATI tendrá la siguiente estructura orgánica:

1. Órganos superiores de dirección:

2. Nivel Político y Directivo:

3. Nivel Coordinador:

4. Nivel Asesor:

    1. Oficina de Fiscalización CGR.
    2. Oficina de Auditoría Interna.

5. Nivel Fiscalizador:

6. Nivel Auxiliar de Apoyo:

7. Nivel Ténico:

8. Administraciones Regionales.