La ANATI tendrá la siguiente estructura orgánica:

1. Órganos superiores de dirección:

1. Consejo Nacional de Tierras.
2. Administración General.
3. Subadministración General.
   

2. Nivel Político y Directivo:

1. Secretaría General.

3. Nivel Coordinador:

1. Oficina de Planificación.
2. Oficina de Equiparación de Oportunidades.
3. Oficina de Relaciones Públicas.
4. Dirección Nacional de Políticas Legales y Asesoría Jurídica.

4. Nivel Asesor:

1. Oficina de Fiscalización CGR.
2. Oficina de Auditoría Interna.

5. Nivel Fiscalizador:

1. Unidad de Informática.
2. Juzgado Ejecutor.
3. Oficina Institucional de Recursos Humanos.
4. Dirección Nacional de Administración y Finanzas.

6. Nivel Auxiliar de Apoyo:

1. Dirección de Administración de Proyectos y Metas.

7. Nivel Ténico:

1. Dirección Nacional de Adjudicación Masiva.
2. Dirección Nacional de Titulación y Regularización.
3. Dirección Nacional de Información Catastral y Avalúos.
4. Dirección Nacional de Tierras Indígenas y Bienes Municipales.
5. Instituto Geográfico Nacional Tommy Guardia.
6. Dirección Nacional de Mensura Catastral.

8. Administraciones Regionales.