La ANATI tendrá la siguiente estructura orgánica:
1. Órganos superiores de dirección:
2. Nivel Político y Directivo:
3. Nivel Coordinador:
- Oficina de Planificación.
- Oficina de Equiparación de Oportunidades.
- Oficina de Relaciones Públicas.
- Dirección Nacional de Políticas Legales y Asesoría Jurídica.
4. Nivel Asesor:
- Oficina de Fiscalización CGR.
- Oficina de Auditoría Interna.
5. Nivel Fiscalizador:
- Unidad de Informática.
- Juzgado Ejecutor.
- Oficina Institucional de Recursos Humanos.
- Dirección Nacional de Administración y Finanzas.
6. Nivel Auxiliar de Apoyo:
7. Nivel Ténico:
8. Administraciones Regionales.